De Griekse arts Hippocrates (circa 460-370 v.Chr.) was de eerste die het principe van de gelijksoortigheid in de praktijk bracht. Zijn methode druiste in tegen de heersende opvatting dat de goden de voornaamste oorzaak van een ziekte waren en dat de ziekte te genezen was door een behandeling met een stof die bij een gezonde persoon een tegengestelde uitwerking had.
Het was de Duitse arts en chemicus Samuel Hahnemann (1755-1843) die de principes van de homeopathie vastlegde en deze systematische methode in 1807 homeopathie noemde. Hahnemann werd mede gemotiveerd door de bedroevende staat van de medische hulp in zijn tijd, waarin bijvoorbeeld aderlaten nog een grote plaats innam. Hij noemde deze praktijken minachtend allopathie. In 1790, tijdens het vertalen van A Treatise on Materia Medica door Dr. William Cullen, kwam Hahnemann langs een passage over Cinchona als geneesmiddel bij malaria. Hahnemann — die in zijn jeugd malaria betrok — wilde Cullens stelling, dat de bittere smaak van cinchona effect had op de maag, testen door de stof zelf in te nemen. Na het innemen merkte Hahnemann dat hij verschijnselen kreeg die leken op die van malaria. Stopte hij met innemen, dan verdwenen de malaria-achtige klachten weer. Door het innemen van Kinabast maakte hij zichzelf schijnbaar ziek. Hij kreeg geen malaria, maar wel iets wat erop leek. Hij ontwikkelde de theorie dat door het innemen van Kinabast, aan de zieke persoon een kunstmatige tweede ziekte zou kunnen worden toegevoegd. Na het doormaken van deze ‘kunstmatige geneesmiddelziekte’ zou de patiënt daarmee ook genezen van de malaria, op basis van de interactie van gelijksoortige ziekten. In 1796 schetste Hahnemann zijn idee in een artikel in Hufeland’s Journal, het tijdschrift van de Duitse natuurkundige Christoph Wilhelm Hufeland. Hierin onderscheidde hij drie wijzen van genezen: een aanpak waarbij de oorzaak van een ziekte bestreden werd en; twee principes op basis van ziektesymptomen (contraria contrariis en het uiterst tegenovergestelde principe similia similibus curentur “het gelijkende wordt door het gelijkende genezen”). Hahnemann bekritiseerde het principe contraria contrariis als een doodlopende weg die enkel een kortstondig effect zou kunnen opleveren. Voor langdurige genezing raadde hij het uiterst tegenovergestelde similiaprincipe aan. Dit principe stelt dat een ziekte kan worden genezen door een middel voor te schrijven dat zo gelijkaardig mogelijke symptomen veroorzaakt.
Na zijn eerste experiment zette Hahnemann familie en vrienden in om de effecten van allerlei bestaande 
middelen op gezonde proefpersonen in kaart te brengen. Bijzonder aan zijn benadering was, naast een zo uitgebreid mogelijke opsomming van alle symptomen, het uitproberen van steeds één enkel middel in een matige dosis. In de Fragmenta (1805) publiceerde Hahnemann de testresultaten (provings) van 27 van deze middelen. Hahnemann legde zo een basis voor de homeopathie.
Hahnemann verdunde de giftige stoffen die hij als uitgangsmateriaal koos eerst verregaand alvorens hij die op zijn patiënten toe paste. Door de verdunning namen de gevaarlijke effecten van het uitgangsmateriaal natuurlijk af. Hahnemann gebruikte zelf bij voorkeur C30, een verdunning van 1 op 1-met-60-nullen waarbij er eigenlijk niets meer van de uitgangsstof overblijft. Hahnemann meende door het schudden de essentie van het uitgangsmateriaal op het oplosmiddel over te brengen. Meer schudbewegingen betekenden volgens hem een grotere versterking, “potentiëring”. Zijn ideeën legde hij vast in het “Organon der geneeskunst”, waarvan de eerste druk uitkwam in 1805 en de laatste (zesde) in 1842. In de vierde editie (1829) introduceert hij “chronische miasma’s” als de “besmettelijke principes” van chronische ziekten. Hahnemann associeerde elk miasma met een specifieke ziekte en dacht dat contact met miasma’s zorgde voor plaatselijke symptomen, zoals een huid- of geslachtsziekten; als deze symptomen onderdrukt zouden worden met medicatie, zou de oorzaak verdiepen en zich te manifesteren als ziekte op de interne organen. Hahnemann vond drie verschillende miasma’s, namelijk psora, sycosis en syfilis, die aan het licht zouden komen door verschillende soorten huiduitslag. In de eerste twee delen van Chronische ziekten (gepubliceerd in 1828) behandelt Hahnemann de theorie van miasma’s en beschrijft (in de eerste editie) 23 “antipsorische medicijnen”.
